Universität Bielefeld - Technische Fakultät - AG Praktische Informatik RIFLE

R I F L E

Rapid Identification by Fragment Length Evaluation

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[DOC] Dokumentation

Ein Werkzeug zur schnellen, 16S rDNA-basierten Identifikation von Mikroorganismen ohne Sequenzierung

Die 16S rDNA ist eines der am häufigsten verwendeten Gene für die Identifikation von Mikroorganismen nach dem Genotyp [AMANN95]. Die Sequenzierung der 16S rDNA zahlreicher Proben ist jedoch teuer und zeitaufwendig. Die Erstellung von Restriktionsprofilen durch Verdauung mit Restriktionsenzymen und anschließender Fragmentlängenbestimmung ist wesentlich einfacher und wurde in taxonomischen Studien schon häufig zur Identifikation von Mikroorganismen benutzt [GURTLER91].

Das RIFLE-System vergleicht Ihre im Labor erzeugten Restriktionsprofile mit theoretischen Profilen, die aus 16S rDNA-Datenbanken erzeugt werden.

Individuelle Laborparameter, z.B. die kaum vermeidbaren Abweichungen bei der Fragmentlängenbestimmung, werden ebenso berücksichtigt wie die Mehrdeutigkeiten in den Datenbank-Einträgen. Die Ergebnisse der Restriktion mit mehreren Enzymen können kombiniert werden, um die Sicherheit der Identifikationen zu erhöhen.

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Author:Henning Hermjakob, ihhermja@techfak.uni-bielefeld.de

Last modified $Date: 2002/12/06 14:32:00 $ by $Author: hmersch $.