|
Attention:
Due to technical maintenance some tools will not be available. See maintenance description for more information. |
|
|
|
|
|
Iteratives OMA
Torsten Will
ZusammenfassungDie hier verwendete Version von OMA (Objectorientated Multiple Sequence Alignment) hat fast alle wichtigen Features der "Final Release" implementiert. Es soll ermittelt werden, inwieweit
|
(Zurück) |
Einleitung
Das verwendete Programm oma/1 hat alle Eigenschaften von testMsa/2.1 und verfolgt ausserdem wichtige weitere Ansaetze. Alles in allem:- DCA liefert durch ein erstes grobes heuristisches Alignment (kleines l)
- Zwischen den von DCA ermittelten Schnittstellen wird optimal aligniert
- GDUS (A*) wird verwendet.
- Die Schaetzkosten werden mittels Paardistanzmatrizen ermittelt (also keine Triplealignments)
- Das iterative Verfahren fusioniert benachbarte Segmente (ein DCA-Level zurueck)
- Programmcode zur Performancemessungen wurde eliminiert. So wird nur grober Speicher- und Zeitverbrauch gemessen.
Sequenzdaten
Alle Tests wurden mit der Kostenmatrix dayhoff.cost durchgefuehrt.
Die verwendeten Sequenzdaten sind dieselben wie in den anderen Versuchen. Jedoch wurdenfuer dieselben Sequenzdaten manchmal unterschiedliche Programmparamater verwendet (vor allem fuer OMA)
- - bei OMA:Standardparameter: L=[2,4,8,...,256]
- - bei MSA:-g fuer TermGaps zaehlen, -b fuer keine Gewichtung
- l8:-l 8, also L=[8,16,32...,256]
- e15:-- '-E -e 15', also MIN_EPS=15 (wie MSA)
- d bei MSA: -d 1000, also delta=1000
mit Standardparametern wird kein Alignment gefunden. (die Kosten des heuristischen Alignments sind angegeben). - :
- :
Testreihe 1
- cost: Kosten des berechnet Alignments. "=" heisst das das Programm den gleichen Wert lieferte.
- lower:Untere Schranke der Kosten an der Quelle, also L(s->t).
- upper:Obere Schranke U, (bei MSA: U + delta)
- delta:U - L(s->t)
- maxDelta:(nur bei MSA)
- m-epsOMA: MinEps, auf das alle eps_ij angehoben werden (gleich dem durchschnittlichem eps). Hier hat MSA einen festen Wert von 15 eingebaut.
- time: mit gettimeofday gemessene Zeit in [s]
- mem[8kb]: Maximal angeforderter Speicher in 8kb-Pages
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Literatur
 |
 |
 |
 |
 |
|
|
|